Cahaya jelas ada pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan perkembangan set dalam kultur, juga termasuk pembentukan metabolit sekunder. Sebagai contoh, dalam pembentukan antosianin pada kultur sel Haplopappus gracilis akan dipengaruhi oleh cahaya biru. Contoh lain, yaitu pembentukan antosianin dalam kultur sel Catharanthus roseus dan Populus sp. akan dipengaruhi oleh cahaya putih. Sebaliknya pembentukan 1,4-naftokinon dalam kultur sel LJthospermum erythrorhizon akan dihambat total oleh cahaya biru maupun putih (Dicosmo dan Towers, 1984).
Pembentukan glikosida flavon dalam kultur uspensi sel Petroselinum hortense akan dipacu oleh cahaya ultraviolet (X 280-320 nm). Pembentukan glikosida flavon akan ditingkatkan bila cahaya uv disertai dengan cahaya merah (lampu pijar), akan tetapi sinar jauh akan mengurangi pengaruh sinar uv tadi.
Dalam kultur suspensi sel Ruta graveolens akan diproduksi beberapa senyawa kumarin dan alkaloid bila disinari dengan cahaya putih secara
berkesinambungan. Biosintesis nikotina dalam kultur sel Nocotiana tabacum akan turun apabila diberi pencahayaan, pengaruh hambatan akan menaik bila intensitas pencahayaan dinaikkan, sedangkan biosintesis nikotina tidak berbeda bila disinari dengan cahaya biru atau merah.
Pembentukan suatu flavon, yaitu apigenin ditemukan dalam kultur suspensi sel Glycine max yang diberi pencahayaan; terdapat korelasi positif antara pembentukan apigenin dengan kenaikan aktivitas enzim PAL dan pkumarat KoA-ligase. Sinensetin, nobiletin, dan flavon lain yang termetoksilasi didapatkan pada kultur kalus Citrus aurantiorum dan Citrus medica yang diberi pencahayaan tetapi senyawa tersebut tidak diproduksi pada keadaan gelap. Biosintesis senyawa flavonoid selalu didahului dengan kenaikan aktivitas enzim PAL (Dicosmo dan Towers, 1984).
Meskipun berbagai aspek mengenai pengaturan enzim dengan perantara cahaya dalam hubungannya dengan fotosintesis dan perkembangan kloroplas telah dirangkum, temyata informasi tentang hubungan antara pencahayaan dengan produksi metabolit sekunder sangat sedikit diperoleh. Hubungan antara enzim dengan produksi metabolit sekunder masih merupakan bidang yang perlu diteliti.