Fosfat organik berperan sebagai suatu regulator dalam sel tumbuhan. Fosfat organik sangat penting dalam proses metabolisme, termasuk proses fotosintesis, glikolisis, respirasi, dan sangat penting pada proses biosintesis asam nukleat dan fosfolipid.
Banyak metabolit sekunder yang dibiosintesis lewat zat antara (intermediat) terfosforilasi, misalnya pada biosintesis senyawa gobngan terpena, terpenoid, steroid, dan fenil propanoid, yang kemudian diikuti dengna proses defosforilasi. Jadi tahap pemutusan fostat harus terjadi pada bisintesis golongan senyawa tersebut. Hambatan pembentukan metabolit sekunder seperti skopoletin dan sinamoil putresin diduga melibatkan hambatan fosfatase oleh fosfat organik. Tingkatan kadar fosfat menunjukkan suatu pengubahan yang dramatis baik biosintesis metabolit sekunder maupun akumulasinya.
Sebagai contoh, dapat dikemukakan dalam kultur sel Catharanthus roseus dan Nicotiana tabacum tanpa fosfat anorganik menunjukkan kenaikan biosintesis alkaloid indoi dan kumarin. Sebaliknya kenaikan kadar fosfat anorganik akan menaikkan produksi antrakinon pada kultur sel Morinda citrifolia(Zenk dkk.,1975) dan juga menaikkan biosintesis alkaloid indol pada kultur sel Ipomoea violancea.
Masih banyak hal yang belum dipahami mengenai pengaruh tingkatan kadar fosfat anorganik dalam kultur sel tumbuhan, walaupun berdasarkan laporan di atas bahwa penurunan kadar fosfat anorganik akan menaikkan produksi metabolit sekunder tertentu.