Kecuali untuk peptida sintetik, vaksin dapat diturunkan dari mikroorganisme atau sel binatang. Untuk ekspresi yang optimal dari komponen vaksin yang diperlukan, mikroorganisme atau sel binatang tersebut dapat dimodifikasi secara genetik. Sel binatang digunakan untuk kultivasi virus dan untuk produksi beberapa subunit komponen vaksin.
Ada tiga tahap pembuatan vaksin :
1) Kultivasi,
2) proses pembuatan,
3) formulasi Pada produksi vaksin modern, konsistensi produksi adalah yang paling penting. Artinya, variasi antara lot satu dengan lot lainnya, harus minimal. Juga kondisi GMP lainnya seperti : kontrol dan validasi setiap tahap produksi, catatan yang baik tentang standar prosedur operating, pengumpulan data produksi, dll.
Bakteri dan yeast, relative mudah untuk dikultivasi di bioreactor. Kultivasi sel binatang lebih sulit, sebab mereka sangat sensitive terhadap factor-faktor lingkungan, seperti alat potong dan konsentrasi oksigen yang tinggi.
Setelah kultivasi, komponen vaksin harus dipisahkan dari bakteri, yeast, atau sel binatang, dan dari sel komponen suspense yang tidak dikehandaki.
Formulasi.
Aditif, penggunaanya harus tidak mempengaruhi komponen vaksin, penyimpanan, dan pemakaian.
Pengawet yang digunakan : thimerosal, phenoxyethanol, phenol, dan antibiotik. Stabilizer yang digunakan : protein, karbohidrat, gula alkohol, formaldehid.
Adjuvan dan delivery sistem.
Suksesnya imunisasi, tidak hanya tergantung pada asal dari komponen imunogenik saja, juga tergantung pada bentuk presentasinya.
Penyimpanan.
Tergantung pada karakteristik yang spesifik dari mereka, vaksi disimpan dalam larutan atau dalam formulasi freeze-dried, biasanya pada 2-8 °C.