Biosintesis metabolit sekunder sangat beragam tergantung dari golongan senyawa yang bersangkutan. Jalur yang biasanya dilalui dalam pembentukan metabolit sekunder ada tiga jalur, yaitu jalur asam asetat, jalur asam sikimat, dan jalur asam mevalonat.
1. Jalur asam asetat
Poliketida meliputi golongan yang besar bahan alami yang digolongkan bersama berdasarkan pada biosintesisnya. Keanekaragaman struktur dapat dijelaskan sebagai turunan rantai poIi-β-keto, terbentuk oleh koupling unit-unit asam asetat (C2) via reaksi kondensasi, misalnya

Termasuk poliketida adalah asam lemak, poliasetilena, prostaglandin, antibiotika makrolida, dan senyawa aromatik seperti antrakinon dan tetrasiklina.
Pembentukan rantai poIi-β-keto dapat digambarkan sebagai sederet reaksi Claisen, keragaman melibatkan urutan β-oksidasi dalam metabolisme asam lemak.
Jadi, 2 molekul asetil- KoA dapat ikut serta dalamreaksi Claisen membentuk asetoasetil-KoA, kemudian reaksi dapat berlanjut sampai dihasilkan rantai poIi-β-keto yang cukup (Gambar 3—7) dibawah . Akan tetapi studi tentang enzim yang terlibat dalam biosintesis asam lemak belum terungkap secara rinci. Namun demikian, dalam membentukan asam lemak melibatkan enzim asam lemak sintase seperti yang dibahas di atas.
Mengenai reaksi-reaksi yang terjadi pada jalur asam asetat tercantum dalam Gambar 3—6 Dibawah
2. Jalur asam sikimat
Jalur asam sikimat merupakan jalur alternatif menuju senyawa aromatik, utamanya L-fenilalanin, L-tirosina, dan L-triptofan. Jalur ini berlangsung dalam mikroorganisme dan tumbuhan, tetapi tidak berlangsung dalam hewan, sehingga asam amino aromatik merupakan asam amino

Gambar 3 – 6. Biosintesis via jalur asetat 9Dewick, 1997)
esensial yang harus terdapat dalam diet manusia maupun hewan. Zantara pusat adalah asam sikimat, sua u asam yang ditemukan dalam tanaman Illicium sp. beberapa tahun sebelum perannya dalam metabolisme ditemukan. Asam ini juga terbentuk dalam mutan tertentu dari Escherichia coil. Adapun contoh r aksi yang terjadi dalam biosintesis asam polifenolat tercantum dalam Gambar 3 — 7.
Dalam biosintesis L-triptofan dari asam 4- hidroksibenzoat juga terjadi zantara asam korismat.

Gambar 3 – 7. Jalur sikimat dalam biosintesis asam polifenolat (Dewick, 1997)
3. Jalur asam mevalonat
Terpenoid merupakan bentuk senyawa dengan keragaman struktur yang besar dalam produk alami yang diturunkan dari unit isoprena (C5) yang bergandengan dalam model kepala ke ekor (head-to-tail), sedangkan unit isoprena diturunkan dari metabolisme asam asetat oleh jalur asam mevalonat (mevalonic acid: MVA). Adapun reaksinya adalah sebagai berikut:
