Pengawasan Fungsional diatur dalam Inpres No. 15 Tahun 1983, akan tetapi pengawasan fiingsional mi pengertiaannya tidak dijelaskan secara tuntas dalam Inpres tersebut. Pengertian pengawasan fungsional menurut Peraturan Pemerintah No. 20Tahun 2001 tentang Pembinaan dan Pengawasan atas Penyelenggaraaan Pemerintah Daerah adalah kegiatan pengawasan yang dilakukan oleh lembaga/badan/unit yang mempunyai tugas melakukan pengawasan melalui pengujian, pengusutan dan penilaian.
Apabila pengawasan melekat merupakan suatu pengawasan yang bersifat mutlak, lain dengan pengawasan fungsional. Pada hakekatnya pengawasan fungsional ini bersifat relaif, artinya apabila diadakan lebih baik, tidak diadakan apabila organisasinya kecil tidak masalah, karena pengawasan fungsional merupakan kegiatan pengawasan pembantu.
Berdasarkan subyek yang melaksanakan pengawasan fungsional, pengawasan fungsional terdiri dan pengawasan oleh :
1. Badan Pemeriksa Keuangan (BPK),
2. Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangun (BPKP),
3. Inspektorat Jendral Departemen dan Aparat lembaga Pemerintah Non Departemen/instansi pemerintah lainnya,
4. Badan pengawas Daerah Propinsi, dan Badan Pengawas Daerah Kabupaten/Kota.
Menurut Undang Undang No. 5 Tahun 1973 BPK mempunyai tugas untuk mengawasi keuangan negara dan melaporkan hasil pengawasannya kepada Dewan Perwakilan Rakyat. Keuangan negara meliputi keuangan yang diatur dalam Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara maupun keuangan negara di luar APBN.
Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan BPKP, diadakan untuk membantu Presiden dalam menjalankan pengawasan umum atas penguasaan dan pengurusan keuangan serta pengawasan pembangunan yang menjadi tanggung jawab presiden.
Dari uraian tugas BPKP ini nampak bahwa BPKP diadakan hanya membantu sebagian fungsi Presiden, yakni membantu pengawasan bidang dan pembangunan, sedangkan terhadap fungsi Presiden yang lain administrasi umum dan yang lainnya, akan dibantu oleh lembaga yang lain.
Apabila ditingkat pemerintah ada BPK dan BPKP, maka di tingkat Departemen diadakan Inspektorat Jendral untuk membantu menteri dalam menyelenggarakan pengawasan umum atas segala aspek pelaksanaan tugas yang tanggung jawab menteri.
Pengawasan fungsional di daerah berdasarkan PP. No. 20 Tahun 2001 dilaksanakan oleh Badan Pengawas Daerah. Di Daerah Propinsi diadakan Badan Pengawas Daerah Propinsi, di daerah KabupatenlKota diadakan Badan Pengawas Kabupaten/Kota. Badan ini dibentuk dan bertanggung jawab pada kepala daerah. Badan Pengawas Daerah mi adalah membantu bidang pengawasan fungsional penyelenggaraan pemerintahan daerah. Selain Badan Pengawasan daerah, dalam penyelenggaraan pemerintah daerah juga diawasi oleh pengawas ttingsional dan pemerintah sesuai dengan kewenangan masing-masing pengawas tungsional pemerintah yang ada.
Hubungan antara lembaga pengawas füngsional yang satu dengan yang baik secara organisatoris dan administratif tidak ada sehingga dalam pelaksanaan pengawasan fungsional sering terjadi tumpang tindih.Untuk menghidari adanya tumpang tindak dalam pelaksanaan pengawasan fungsional dan terwujud pencapaian hasil pengawasan yang efisien dan efektif maka pelu diadakan harmonisasi dan sinkronisasi dalam pengaturan pengawasan fungsional
Referensi :
Muchsan, Prof., Dr. S.H., Sistem Pengawasan Terhadap Perbuatan Aparat Pemerintah, Liberty, Yogyakarta, 1992.