Berbagai kepentingan mempunyai andil dalam kelestarian kawasan laut dan pantai diantaranya kepentingan perikanan, pabrik, kehutanan maupun kepentingan Hankam dimana semua kepentingan ini saling terkait. Pencemaran laut adalah suatu keadaan dimana suatu zat atau energi dan unsur lain diintroduksikan kedalam lingkungan laut oleh kegiatan manusia atau oleh proses alam itu sendiri dalam kadar tertentu yang menyebabkan lingkungan laut itu tidak berfungsi seperti semula dalam arti kesehatan dan keselamatan hayati (dalam seminar “SegiSegi Hukum dan Pengelolaan Lingkungan Hidup”, 1976) Universitas Gadjah Mada
Setiap sistem alami mempunyai kemampuan untuk mengembalikan “kesehatannya” apabila ada gangguan dari luar jika waktu dan kondisi lingkungannya sesuai. Waktu yang diperlukan ekosistem untuk meniadakan ataupun mengurangi konsentrasi bahan pencemar yang tidak diinginkan disebut dengan response time. Waktu yang diperlukan oleh suatu bahan atau zat untuk tetap berada di lautan sampai sama sekali terurai atau terpendam pada endapan didasar disebut sebagai residence time.
Sumber-sumber pencemaran laut bisa berasal dari laut maupun darat.
Beberapa sumber pencemaran laut yang berpengaruh pada ekosistemnya:
1. Pencemaran oleh Minyak
Tumpahan minyak di laut yang terapung di air akan mengganggu kondisi plankton dan nekton perairan selain itu dampak dari tumpahan minyak mematikan ayes dan mamalia dengan kondisi tubuh ayes tersebut dilapisi minyak sehingga kehilangan daya penyekatnya dan menyebabkan kematian.
2. Pencemaran oleh Bahan Kimia Beracun
Negara-negara industri mengeluarkan bahan buangan kimia beracun dimana dampaknya di dalam tubuh biota laut tidak mengalami metabolisme melainkan terakumulasi di dalam jaringan tubuh. Sesuai dengan rantai makanan jika dimakan oleh karnivora dan karnivora ini dimakan oleh manusia maka akan terjadi perubahan-perubahan pada tingkatan tropik.
3. Pencemaran karena Pembangkit Tenaga listrik
Pembangkit-pembangkit tenaga listrik di sepanjang pantai memanfaatkan air laut sebagai pendingin, yang pada akhirnya membuang limbah air panas yang mengganggu komunitas laut. Kondisi ini menyebabkan pencemaran termal karena suhu dari limbah air panas di atas ambang tahan biota. Jika di pantai tersebut terdapat area hutan bakau, maka akan menghambat perkembangan perakaran pada hutan bakau tersebut.
4. Pencemaran oleh Kegiatan Pengerukan Teluk dan Muara.
Kegiatan pengerukan teluk dan muara akan meningkatkan kandungan lanau atau silt yang tersuspensi di air dan mengakibatkan kekeruhan yang pada akhirnya akan menghambat proses fotosintesis. Endapan ini juga akan menghalangi aktifitas makan dan pernafasan pada biota yang akan menyebabkan kematian.