Pembuangan limbah suatu pabrik skala kecil maupun skala besar ke saluran perairan maupun sungai, membawa dampak negatif baik bagi kualitas ekosistem sungai tersebut juga berdampak negatif pada kesehatan manusia terlebih lagi jika sungai tersebut melewati daerah pemukiman dan dimanfaatkan masyarakat setempat untuk aktivitas sehari-hari.
Penanganan air limbah terdiri dari tiga tahap yaitu primer, sekunder, dan tersier. Proses penanganan primer pada prinsipnya dengan memisahkan padatan Universitas Gadjah Mada
dengan cara penyaringan, pengendapan, pemisahan endapan dan pemberian gas klorin. Sedangkan proses penanganan sekunder yaitu dengan penyaringan trikel/biologis, penyaringan lumpur aktif, pemberian gas klorin. Proses penanganan tersier dilakukan dengan elektrodialisis yaitu menghilangkan garamgaraman organik. Kelemahan dalam proses ini adalah garam-garam tersebut akan menempel pada membran. Cara yang terbaik penanganan limbah adalah dengan mengkombinasikan ketiga cara di atas, yaitu penyaringan, pengendapan, penyaringan trikel, elektrodialisis dan khlorinasi.
Pencegahan akan selalu lebih baik daripada penanganan. Badan air mempunyai keterbatasan dalam mengelola kotoran secara ekologi tergantung dari curah hujan, aliran badan air, kecepatan angin dan kemampuan asimilasi dalam sistem air. Maka dari itu manfaat dari pengendalian buangan limbah ke perairan diharapkan mampu memberbaiki kesehatan penduduk, sungai dapat kembali sebagai sumber penyediaan air bersih, lingkungan menjadi bersih dan sehat, dapat dipakai untuk rekreasi dan dapat mengembalikan tats kehidupan ikan dan organisme yang lain.
Pengujian limbah dapat dilakukan secara fisik, kimia dan biologis. Pengujian limbah secara fisik meliputi suhu, kekeruhan, warna dan bau. Sedangkan secara kimia dengan melihat kandungan nitrogen, amonia bebas, nitrit dan nitrat. Sedangkan secara biologis berdasarkan kondisi bakteriologis dan mikrobiologis.