Fase Diam dan Fase Gerak
Pada hakekatnya KKT adalah TLC yang menggunakan kertas. Metoda ini sesuai untuk senyawa yang polar mis senyawa-senyawa biologi. KKt sebenarnya adalah kromatografi yang menggunakan fase diam cair dan fase gerak cair, oleh karena itu dapat digolongkan kromatografi cairan-cairan. Maka mekanisme pemisahannya adalah partisi. Sebagai fase diam biasanya air yang terserap pada serabut kertas sedangkan fase geraknya adalah pelarut yang lain. Jadi kertas berfungsi sebagai pendukung fase diam. Kertas yang digunakan biasanya kertas saring Whatman No. 1.
Pengembangan dan Visualisasi
Urutan kerja pada kromatografi kertas mirip dengan KLT dapat disusun sbb;
1. kertas saring whatman No 1 dipotong sesuai dengan ukuran yang dikehendaki.
2. larutan sample ditotolkan pada 2-5 cm ujung kertas.
3. Elusi dapat dilakukan menaik ataupun menurun. Lama elusi antara 0,5-12 jam tergantung kertas yang dipakai dan jarak pengembangan yang kehendaki. Elusi menaik dikerjakan seperti KLT dengan menggantung kertas didalam bejanayang telah dijenuhi fase gerak yang berada didasar bejana. Pada elusi menurun,disediakan wadah fase gerak yang digantung. Kertas ditahan denganpenjepit dengan batang kaca agar posisi kertas tetap.
4. Kromatogram dikeluarkan dari bejana, diberi tanda batas akhir yang dicapai fase gerak.
5. Visualisasi seperti pada KLT, hanya penggunaan HSOtak dapat digunakan.
Aplikasi Kromatografi Kertas
Tabel Berikut Turunan ksantina dan nilai Rf menggunakan sistim PI
PI (kepustakaan 5) meggunakan fase diam kertas Whatman no 1, sedangkan fase geraknya adalah campuran asam sitrat, air dan n.butanol. Pada Tabel 7, Rf senyawa-senyawa derivat ksantin menunjukkan bahwa kafein mempunyai Rf yang terbesar, diikuti oleh teofilin dan terakhir teobromin. Sesuai dengan teori bahwa senyawa yang lebih polar akan berinteraksi dengan fase diam yang polar atau senyawa yang lebih polar akan lebih senang larut dalam fase diam polar dari pada senyawa kurang polar. Dalam hal ini kafein paling kurang polar dari pada yang lain, karena adanya tiga substirusi alkil (metil= non polar substituent) pada molekul ksantina. Oleh karena itu kafein lebih senang pada fase gerak yang bersifat lebih non polar dibandingkan dengan fase diam. Berlaku sebagai fase diam adalah air sedangkan fase geraknya adalah nbutanol yang akan membawa kofein bergerak lebih cepat, sehingga mempunyai Rf yang terbesar.
Teofilin dan teobromin masing-masing adalah ksantina tersubstitusi dua gugus fungsi metil, namun posisinya berbeda. Pada teobromin proton pada 1 tidak tersubstitusi, karena tetangganya adalah dua gugus karbonil maka proton ini tidak stabil dapat terjadi toutomerisasi ke bentuk enolnya. Maka seolah-olah teobromin mempunyai dua gugus hidroksil, sedangkan pada teofilin tidak terjadi peristiwa ini. Akibatnya teobromin bersifat lebih polar dari pada teofilin, sehingga teobromin tertahan lebih lama dalam fase diam dan mempunyai Rf terkecil.