Dalam media baku pada kultur sel tumbuhan sebagai sumber nitrogen digunakan kalium nitrat dan amonium nitrat. Namun demikian, beberapa kultur sel tidak tahan terhadap kadar amonium yang berlebihan. Sebagai contoh, dilaporkan oleh Dicosmo dan Towers (1984) bahwa biosintesis 1,4-naftokinon ditingkatkan bila kadar nitrogen total dinaikkan dari 67 sampai 104 mM dalam kultur sel Uthospermum erythrorhizon.
Dilaporkan oleh Zenk dkk. (1975) bahwa produksi antrakinon pada kultur sel Morinda citrifolia menurun bila kadar kalium nitrat bervariasi di bawah atau di atas kisaran 2,0 – 4,5g per liter. Dilaporkan pula oleh Dicosmo dan Towers (1984) bahwa produksi ubikinon total dalam kultur suspensi sel Nicotians tabacum akan berubah bila perbandingan amonium-nitrat dari 3:1 dijadikan 1:3, tetapi nitrogen
total dibuat tetap. Selanjutnya biosintesis alkaloid indol dalam kultur sel Peganum harmala akan menurun bila amonia atau glutamin digunakan sebagai pengganti nitrat. Selanjutnya, biosintesisi alkaloid indol dalam kultur Peganum harmala akan menurun bila amonia atau glutamin digunakan sebagai pengganti nitrat. Sebaliknya pada kultur sel Camelia sinesis kandungan kafeinnya akan menaik sampai empat kali iipat bila amonium digunakan mengganti nitrat. Dilaporkan oleh Chandler dan Dods (1983), bahwa kultur kalus Solanum laciniatum akan memproduksi solasodina naik menjadi hampir dua kali Iipat bila kadar nitrogen diturunkan menjadi seperdelapan normal atau 12,5 % dari normal.:dalam percobaan ini digunakan media KD, yaitu media Murashige Skoog yang ditambah dengan kinetin dan 2,4-D masing-masing 1 bagian perjuta (bpj).
Hasil yang berlawanan dilaporkan oleh Zenk dkk .(1975) bahwa penambahan fenilalanina pada kultur sel Coleus blumei akan menaikkan kadar asam rosmarinat, sedangkan peneliti lain mendapatkan kenyataan yang sebaliknya. Penambahan triptofan dalam kultur sel Catharahtus roseus yang berumur tiga minggu akan menaikkan biosintesis alkaloid, sedangkan penambahan triptamina pada inokulasi akan menekan biosintesis alkaloid. Jadi perlu diperhatikan pula saat pembenan prekusor yang tepat agar diperoleh hasil produksi metabolit sekunder yang diharapkan.
Penambahan sumber nitrogen lain seperti bahan majemuk antara lain hidrosilat kasein, pepton, eksrak ragi baik sendiri maupun bersama dengan asam amino yang lain memberikan hasil yang tidak konsisten. Sebagai contoh, dapat dikemukakan di sini bahwa pembenan hidrolisat kasein pada kultur sel Uthospermum erythromizon akan menurunkan sintesis 1,4-naftokinon. Sebaliknya pembenan asam kasamino dalam kultur sel Nicotiana tabacum akan menaikkan kadar senyawa golongan kumarin, yaitu skopoletin dan skopolin.